婚姻登记机关在办理离婚登记时不应当将当事人的结婚证收回存档。
民政部《婚姻登记工作规范》第五十五条规定，发给离婚证，应当在当事人双方均在场时按照下列步骤进行：...（二）在当事人的结婚证上加盖条形印章，其中注明“双方离婚，证件失效。××婚姻登记处”。注销后的结婚证复印存档，原件退还当事人。
因此，对于办理离婚登记的当事人，应将注销后的结婚证退还当事人。
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